1174（承安４）年、樋口左衛門正則が源空（法然上人）の従者として近江（おうみ）から遠江（とおとうみ）へ下る途中、この和泉村（いずみむら）に道場を開いたのが始まりと伝わります。1468（応仁2）年、９代目の樋口正広が、蓮如（れんにょ）に教化（きょうけ）を受けて、「西蔵坊慶聞」の法名（ほうみょう）を賜（たま）わり、浄土真宗に転派しました。1556（弘治２）年夏、落雷による火災で道場を失いますが、集落の力で２年後には再建されました。1606（慶長11）年、尾州野夫村（現一宮市開明）円光寺の二休を道場主として養子に迎え、「本龍寺」と改めます。二休は、
本願寺が東西分裂の時、教如（きょうにょ）を大津（おおつ）の四十九院（三井寺）まで送り届けたことがあり、教如秘蔵（ひぞう）で聖徳太子（しょうとくたいし）の遺作（いさく）と伝わる阿弥陀如来立像（あみだにょらいりゅうぞう）を授（さず）かり本堂に置きました。二休はその働きにより本龍寺中興の祖（ちゅうこうのそ）と言われます。しかし、その尊像は、1902（明治35）年1月13日の火災で本堂と共に焼失し、本堂は再建（さいけん）されたましが、1945（昭和20）年１月の大震災で再び倒壊、仮の本堂が2018年までありましたが、現在は改築（かいちく）されています。
日露戦争（にちろせんそう）後の町村大合併で「明治村」ができた時は、役場が本龍寺に置かれたり、村の盆踊りが境内（けいだい）で行われたりしていました。
明治用水（めいじようすい）の功労者（こうろうしゃ）である都築弥厚（つずきやこう）の墓は左側奥の方にあります。