鎌倉時代（かまくらじだい）、慶円上人（きょうえんしょうにん）によって開かれました。15世紀後半には、蓮如上人（れんにょしょうにん）の教化（きょうけ）によって、浄土真宗（じょうどしんしゅう）の門徒（もんと）による寺院（じいん）の組織化（そしきか）が進み、岡崎市（おかざきし）の上宮寺（じょうぐうじ）、勝鬘寺（しょうまんじ）とともに三河三ヶ寺（みかわさんかじ）とされます。戦国時代の1563（永禄６）年、三河一向一揆（みかわいっこういっき）の時には徳川家康（とくがわいえやす）と敵対（てきたい）しました。当時は桶狭間（おけはざま）の戦いで、家康が今川氏（いまがわし）の人質（ひとじち）から解放（かいほう）された直後（ちょくご）のことです。一時、寺院は破却（はきゃく）されましたが２０年
後に赦免（しゃめん）され復興（ふっこう）します。江戸時代（えどじだい）になると、中本山（ちゅうほんざん）として、２００を超える末寺（まつじ）を持ち、幕府（ばくふ）の将軍（しょうぐん）や住職（じゅうしょく）の代替（だいが）わりには拝謁（はいえつ）を許されるほどの高い格式（かくしき）を与えられました。堀や土塁（どるい）、本堂（ほんどう）、鼓楼（ころう）、鐘楼（しょうろう）などが当時のままの姿で残されており、歴史を研究するためにも貴重（きちょう）な史跡（しせき）で、2015年に、国指定の史跡になりました。
本證寺のハス
内堀に咲くハスの起源（きげん）は解りませんが、1899年（明治32年）の「三河三ケ寺野寺本證寺全図」ではきれいに咲いています。1994年（平成6年）を最後に見られなくなってしまいました。ハスの花の無い本證寺の景観（けいかん）は寂しいので、2010（平成22）年に地元の有志が立ち上がり「本證寺ハスの会」が作られました。内堀で繁殖（はんしょく）した外来種（がいらいしゅ）のカメやザリガニを駆除（くじょ）したり、堀そのものの清掃（せいそう）を行い、3年間を費やして再生（さいせい）に成功（せいこう）致しました。山門（さんもん）に向かって右に白、左に赤いハスの花が咲いています。現在も会の活動（かつどう）は続けられています。7月ごろが見ごろです。
寺宝（じほう）と伝説（でんせつ）
聖徳太子絵伝（しょうとくたいしえでん）などの絵画（かいが）をはじめ、工芸品（こうげいひん）、彫刻（ちょうこく）、古文書（こもんじょ）などの寺宝が豊富（ほうふ）です。樹齢800年を数える「イブキ」の大樹は、親鸞聖人（しんらんしょうにん）お手植えと伝わり、樹勢（じゅせい）はいまだ旺盛（おうせい）です。天然記念物に指定されています。
伝説①「性空（しょうくう）の大蛇退治・龍宮の淵」
慶円上人が性空を名乗（なの）っていたころのことです。村民が大蛇（だいじゃ）に苦しめられているのを知り、大蛇が現れるという龍宮の淵（りゅうぐうのふち）に、弓矢（ゆみや）を持ち短刀（たんとう）を懐（ふところ）に差して向かいました。そこに老人が現れ「坊主（ぼうず）の身で刀を持つのはなぜか？」と問答（もんどう）を仕掛けて来ました。性空は、「村民に危害（きがい）を与える大蛇を退治（たいじ）するためだ」と答え、更に「殺生（せっしょう）の破戒（はかい）を犯（おか）しても、善良（ぜんりょう）な村民を救い悪行（あくぎょう）の大蛇を退治するのも坊主の務めだ」と答えました。すると、問答に負けを認めた老人は淵の底に帰って行きました。その姿は、老人ではなく、大蛇でした。この時、性空が持っていた短刀は「朝日丸（あさひまる）」と言って、来国光（らいくにみつ）製作の
名刀です。今も寺の宝として残されています。そして、老人は消える前に次の様に言い残しました。「後ろの醍醐山（だいごやま）の頂上から北へ向けて矢を放ち、落ちた所に道場（どうじょう）を開けばおまえの教えは広まるだろう」。性空は、その通りに矢を放ち、矢の落ちたところに道場を建てました。これが本證寺の始まりです。矢は松の木に突き刺さり、その松の木は、つい最近まで境内（けいだい）にありましたが、今は枯れてしまい、3代目「矢落の松（やおちのまつ）」と名札を付けた松が数百メートル西の八幡社（はちまんしゃ）に存在（そんざい）します。
伝説②「龍宮池（りゅうぐうのいけ）と貸椀伝説（かしわんでんせつ）」
境内（けいだい）の脇に池があります。内堀の一部ですが「龍宮池」と呼ばれています。この池に法要（ほうよう）などで足らない膳椀（ぜんわん）があると、「何人分」と紙に書いて浮かべると、次の日、池に浮いて来ました。この池は、地下で西尾市小島(おじま)の龍宮淵（りゅうぐうのふち）に続いており、この龍宮淵を棲家（すみか）とする龍神（りゅうじん）が揃（そろ）えて貸してくれるというのです。龍神とは、かつて慶円上人（きょうえんしょうにん）に問答で負けた大蛇が精進（しょうじん）した姿なのです。ある時、これを1人分返し忘れてしまいました。それ以来、二度と膳椀は池に浮いてくることはありませんでした。返し忘れたお椀は今も寺に残されております。県指定の文化財で「垣蔦文組椀（かきつたもんくみわん）」と言います。
伝説③「親鸞（しんらん）お手植えのイブキ・雨漏御殿（あまもりごてん）」
矢作（やはぎ）の柳堂（やなぎどう）で、親鸞聖人が説法（せっぽう）をされた時、慶円は野寺（のでら）に案内しました。親鸞聖人がお泊りになった書院（しょいん）は雨漏りがしたのですが、親鸞聖人の周（まわ）りだけは濡（ぬ）れませんでした。そして、そこに在った花瓶（かびん）の花が枯れているのを見て、新しい花にご自分で取り替えられました。この時、花瓶から投げ捨てられたのが「イブキの木」でした。その後、根が付き、樹齢（じゅれい）800年と推定（すいてい）され、巨木となって繁っています。県指定の天然記念物です。