初代（しょだい）小川城主（おがわじょうしゅ）石川政康(まさやす)の子康頼(やすより)が、名を明了(みんりょう)と変えて開いたと伝わります。
政康は、蓮如上人（れんにょしょうにん）との約束（やくそく）で、関東（かんとう）から三河（みかわ）に来て、小川に城と寺を造りました。城は小川城、寺は蓮泉寺です。本堂（ほんどう）には、蓮如と政康との出会（であ）いを画（か）いた絵（え）があります。季節（きせつ）の朝顔（あさがお）が画かれています。
1828（文政2）年、この三河地方（みかわちほう）は大きな水害（すいがい）に遭（あ）いました。この時、鹿乗川（かのりがわ）の改修（かいしゅう）という大事業（だいじぎょう）が計画（けいかく）され、いくつもの困難（こんなん）を乗り越えて完成させたのが大帳(おおちょう)の天野金右衛門（きんえもん）と岩根（いわね）の加藤吉右衛門（きちえもん）です。二人の墓がこの蓮泉寺にあります。
江戸時代（えどじだい）が終わり新しい明治（めいじ）では、信仰（しんこう）する物が大きく変わりました。その一つが、神仏分離令（しんぶつぶんりれい）で、その波に飲み込まれてしまったのが、この寺の優秀な僧侶（そうりょ）であった石川台嶺（たいれい）です。
台嶺は、その法律から寺を守るために、同じ考えを持つ仲間と「護法会（ごほうかい）」と言う仏教（ぶっきょう）と寺を守る会を作り勉強（べんきょう）をしていました。そして、事件（じけん）が起きたのは、1871（明治4）年3月9日のことです。大浜騒動（おおはまそうどう）と言います。
大浜騒動
寺院（じいん）の整理統合（せいりとうごう）が命じられた神仏分離令に対して、どのような対応をするのが良いか「護法会」は、その前日から岡崎市矢作町暮戸（くれど）の説教所（せっきょうじょ）で会合（かいごう）が行われていました。その結果、陣屋（じんや）へ法律の緩和（かんわ）を依頼（いらい）することになりました。陣屋とは当時の地方行政（ちほうぎょうせい）をするところで、現在の市役所にあたるところです。その陣屋は現在の碧南市（へきなんし）大浜（おおはま）に置かれていました。護法会の人たちは、暮戸を出て大浜へ向かいました。途中で農民たちも大勢加わり、安城市東町(ひがしまち)の法行寺（ほうぎょうじ）へ着いた時は数百人、ここで朝食とったと言われています。西尾市米津（よねず）では２～３千人に達していました。交渉（こうしょう）は難航（なんこう）し長時間に渡ったので米津の竜讃寺（りゅうさんじ）で待っていた農民たち民衆（みんしゅう）とお役人とがもみあいになり、1人の役人が犠牲（ぎせい）となってしまいました。この事件で、寺院の整理統合案は緩和されましたが、事件の首謀者（しゅぼうしゃ）として、護法会の中心的存在であった蓮泉寺の石川台嶺と城ヶ入（じょうがり）の若者で相撲（すもう）取りの榊原喜代七（きよしち）の2人が死刑（しけい）となりました。1889（明治22）年には赦免（しゃめん）され、護法有志の墓（ごほうゆうしのはか）が造（つく）られ、現在では蓮泉寺の西に置かれています。
この事件は殺傷事件の現場から「鷲塚騒動（わしづかそうどう）」とも、また、役人の藩名（はんめい）を採（と）って「菊間藩事件（きくまはんじけん）」とも言います。